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如何測定高保真DNA聚合酶的保真度?

更新時間:2017-03-27      點擊次數(shù):2562
   在PCR實驗中使用適當?shù)木酆厦笇⒋_保*的產(chǎn)量和特異性,但市場上有那么多種聚合酶,如何選擇,有時還真是個難題。廠家一般都會提供一個選擇指南,列出每個產(chǎn)品的特異性、保真度、產(chǎn)量等。保真度是實驗成功zui關(guān)鍵的因素之一,不可不重視。
  什么是聚合酶保真度?
  DNA聚合酶的保真度是指準確復制目的模板的結(jié)果。具體來說,這涉及到多個步驟,包括讀取模板鏈,選擇正確的三磷酸核苷,并將此核苷酸插入3’引物末端的能力。為了區(qū)分正確和錯誤的核苷酸,一些DNA聚合酶具有3’到5’核酸外切酶活性。這種“校正”活性可切除不正確摻入的單核苷酸,并將其替換成正確的核苷酸。高保真PCR使用摻入錯誤率低且具有校正活性的DNA聚合酶,以保證目的DNA的忠實復制。
  保真度在何時很重要?
  在設(shè)計PCR實驗時,你首先要考慮你的應(yīng)用是否需要高保真聚合酶。如果實驗結(jié)果依賴于正確的DNA序列(如克隆或測序),那么你就要盡量減少錯配核苷酸的摻入。而對于普通PCR或菌落PCR,確定擴增子是否存在或質(zhì)粒上是否帶有插入片段,那高保真則大可不必。由于某些高保真聚合酶的強勁特性,一些研究人員在所有擴增中都使用它們。
  如何測定保真度?
  廠家通過各種不同的方法來確定DNA聚合酶的保真度。ThomasKunkel曾介紹過一種方法,使用M13噬菌體的部分lacZα基因,通過宿主菌落顏色的變化來檢查DNA合成中的錯誤。以Kunkel的分析為基礎(chǔ),WayneBarnes則開發(fā)出一種分析,利用PCR來復制整個lacZ基因和兩個抗藥性基因的一部分,隨后連接、克隆、轉(zhuǎn)化和藍白斑篩選。若lacZ基因存在錯誤,則破壞β-半乳糖苷酶活性,導致白斑的出現(xiàn)。通過這些實驗方法,白斑克隆的比例可轉(zhuǎn)化為錯誤摻入的數(shù)量。Sanger測序則提供了保真度的更直接讀取,可檢測所有突變。利用這種方法可確定聚合酶的整個突變譜。
  何為高保真?
  關(guān)于DNA聚合酶的高保真,目前還沒有統(tǒng)一的定義。人們往往與TaqDNA聚合酶比較,來判斷保真度的相對高低。例如,NEB(New EnglandBiolabs)的科學家測定Taq聚合酶的錯誤率為2.7x10-4 ±0.8x10-4,或每3700個堿基1個錯誤。這些數(shù)據(jù)表明,利用Taq以25個PCR循環(huán)擴增400bp的片段,可能一半的克隆都帶有錯誤。對于較大的片段如1kb,每個克隆都可能帶有不想要的突變。相比之下,NEB的Q5超保真聚合酶的錯誤率比Taq低100倍。根據(jù)這一數(shù)據(jù),200個克隆中的199個將是正確的。
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